Lehre SS 16


  • Vorlesung und Praktikum: Molekulare Modellierung

  • Python-Programmierung in den Lebenswissenschaften

  • Bachelor-und Master-Arbeiten im Bereich Molekulare Modellierung
  • Bachelor-Arbeiten als Literaturarbeiten

  • Seminar zum Integrativen Modul
  • Forschungspraktikum für Biochemie-Bachelorstudenten
  • Vertiefungspraktika






  • Vorlesung und Praktikum: Molekulare Modellierung


    Vorlesung dienstags um 8:30 Uhr im S88 BGI

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    Python-Programmierung


    Besprechungsseminar und Übungen montags von 10:00 bis 14:00 Uhr im Besprechungszimmer Gebäude B14

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    Bachelor- und Master-Arbeiten im Bereich Molekulare Modellierung/Molekulare Bioenergetik


    Bei Interesse Abschlussarbeiten (Bachelor, Master, Diplom) im Bereich Strukturbiologie/Bioinformatik anzufertigen, melden Sie sich bitte bei mir. Voraussetzung ist der erfolgreiche Abschluß des Moduls "Grundlagen der Bioinformatik".

    Mögliche Themen sind z. B. :
    (Studenten aus der Biochemie)
  • Untersuchung der Mechanismen ausgewählter Enzyme
  • Berechnungen an Lichtsammelkomplexen
  • Dynamik in Elektronen-Transfer-Protein-Komplexen
  • Protonentransfer im Proteinen


  • (Studenten aus der Informatik)
  • Graphentheoretische Analyse von Protonentransfernetzwerken
  • Clustern von Proteinkonformationen
  • Analyse der Ladungsverteilung in Proteinen
  • Proteinstrukturvorhersage mit Hilfe von Dead End Elimination

  • Wir sind auch offen für Studenten aus Chemie, Physik oder anderen naturwissenschaftlichen Studiengängen.



    Bachelor-Arbeiten als Literaturarbeiten


    In der AG Ullmann besteht die Möglichkeit, Bachlor-Arbeiten als Literaturarbeiten anzufertigen. Dazu bieten wir Themen an, die als Zielsetzung die Aufarbeitung der Literatur und Datenbanken in Hinsicht auf die Redoxpotentiale von Kofaktoren in Proteinen haben.

    Hintergrund: Je nach Proteinumgebung können identische Kofaktoren (z.B. [Fe2S2]-Zentren) sehr unterschiedliche Eigenschaften haben. Wenn man verstehen will, wie große Proteinkomplexe mit vielen Redox-Zentren funktionieren, muss man verstehen, wie die Proteinumgebung die Redoxpotentiale reguliert. Solche großen Proteinkomplexe spielen z.B in der Atmungskette und der Photosynthese eine Rolle, aber sie sind auch in bio-geochemischen Prozesse wie dem Stickstoff- oder dem Schwefelkreislauf involviert. D esweiteren sind solche Proteine auch am mikrobiellen Abbau von Kohlenwasserstoffen (z.B. Erdölverschmutzungen) beteiligt.

    Zielsetzung: Ziel der Arbeiten ist es, die Redoxpotentiale von aktiven Zentren in Proteinen aus der Literatur zu sammeln und in eine Datenbank einzugeben. Dabei sollen die Daten auch systematisiert und mit strukturbiologischen Daten in Verbindung gesetzt werden. Es sollen Redoxpotentiale für folgende Moleküle gesucht werden:
    • verschiedene Proteine (Paraloge und Orthologe)
    • Mutanten von Proteinen (side-directed mutagenesis)
    • synthetische und designte Proteine
    • Modellverbindungen (.d.h. synthetische Verbindungen, die aktive Zentren „nachbauen“)

    Es empfiehlt sich im Vorfeld der Arbeit ein Forschungspraktikum als Wahlpfichtmodul in der AG Ullmann zu wählen, in dem der Umgang mit molekularer Visualisierungssoftware (z.B. VMD), mit verschieden Datenbanken (z.B. PDB, Cambridge Structure Database), die Suche von Literatur (z.B. Pubmed, Web of Science) sowie das Erstellen von Datenbanken mit OpenOffice vertieft werden kann.

    Pro Bachelorarbeit soll eine Art von aktiven Zentrum untersucht werden, z.B. [Fe2S2]-Zentren, [Fe4S4]-Zentren, Mo-Zentren oder Hem-Zentren usw. Die Zusammenarbeit mehrerer Studenten mit verschiedenen Themen ist sicherlich hilfreich.



    Seminar zum Integrativen Modul


    siehe hier.



    Forschungspraktikum für Biochemie-Bachelor und Master-Studenten sowie für Studenten der (Angewandten) Informatik


    Nach Abschluß des Grundpraktikums können in der Arbeitsgruppe Forschungspraktika durchgeführt werden. Dabei werden Themen mit Bezug zur Forschung in der Arbeitsgruppe durchgeführt. Diese Praktika können eine ideale Vorbereitung für eine anschließende Bachelor-Arbeit sein. Mögliche Themen werden so gewählt, dass Sie in einer Bachelor-Arbeit fortgesetzt werden können. Bei Interesse, bitte bei mir (ullmann@uni-bayreuth.de) melden.



    Vertiefungspraktika


    Für Masterstudenten des Studienganges Biochemie/Molekulare Biochemie sowie für Bachelor- und Master-Studenten der Informatik-Studiengänge bieten wir Vertiefungspraktika an. Bei Interesse, bitte bei mir (ullmann@uni-bayreuth.de) melden.